1、EB（溴化乙錠）

溴化乙錠是一種高度靈敏的嵌入性熒光染色劑，為強致癌誘變劑，但價格便宜。它與DNA的結合幾乎沒有堿基序列特異性。在高離子強度的飽和溶液中，大約每2.5個堿基插入一個溴化乙錠分子。EB的這種特性使其成為一種核酸染料，常用于瓊脂糖凝膠電泳中的核酸染色。溴化乙錠在紫外區302nm和366nm處有吸收峰，在紫外光的照射下，溴化乙錠可被激發出橙紅色的熒光（590nm）。結合有DNA的溴化乙錠復合物的熒光強度要比沒有結合DNA的染料高出20-30倍，因此溴化乙錠可檢測到少至10ng的DNA條帶，非常靈敏。

2、Gel Green和Gel Red

由Biotium公司研發推出的EB替代染料，染色效果和EB差不多，在紫外下不容易淬滅，可以用于膠回收。但價格較貴。

GelRed 和 GelGreen 是兩種集高靈敏、低毒性和超穩定性于一身的熒光核酸凝膠染色試劑。其水溶染色劑通過美國環保局安全認定，廢棄物可直接倒入下水道，而不會造成任何環境污染。其特點有：

1）高靈敏度：GelRed 和 GelGreen 是目前市場中非常靈敏的凝膠核酸染料之一；

2）穩定性非常好：可以使用微波爐加熱，可以在室溫下保存；

3）更安全：艾姆斯氏試驗結果表明，該染料的誘變性遠小于溴化乙錠（EB）；

4）廣泛的適應性：適用于預制凝膠和凝膠電泳后染色；

5）染色過程簡單：與EB一樣，在預制膠和電泳過程中不必擔心染料降解；而電泳后染色過程也只需30分鐘且無需脫色或沖洗；

6）對 DNA 和 RNA 的遷移影響小：對核酸遷移的影響小于 SYBR Green I?；

7）與標準凝膠成像系統以及可見光激發的凝膠觀察裝置兼容：使用 312nm 激發的 UV 凝膠成像系統時，GelRed 可以替代EB；使用 254nm 激發的 UV 凝膠成像系統或可見光激發的凝膠觀察裝置時，GelGreen 足以替代任意一種 SYB染料。但該染料會使小片段DNA遷移慢一些（與EB相比).

3、綠色熒光核酸染料

綠色熒光核酸染料對于大片段DNA的染色效果良好，但是在對于500bp以下的片段效果不是很好，還有一個很致命的弱點是它的熒光基團在紫外燈下非常容易淬滅，一般5-10min條帶就會消失。另外綠色熒光核酸染料不適用于膠回收。

4、SYBR Green 和SYBR Gold

穩定性差，也有毒性。它屬于花箐素類核酸染料，花箐類染料不是無毒的，而只是低毒的，電泳級別的是經過修飾的，修飾有三種：1.加入鹵素或氰基。2.插入環羥基。3.加入穩定劑。SYBR Green I是高靈敏的DNA熒光染料，適用于各種電泳分析，操作簡單：無須脫色或沖洗。至少可檢出20pg DNA，高于EB染色法25-100倍。SYBR Green I 與dsDNA 結合熒光信號會增強800-1000倍，用SYBR Green I染色的凝膠樣品熒光信號強，背景信號低。SYBR Green和SYBR Gold相對于EB的穩定性要差很多。SYBR系列的染料也能進入細胞染色線粒體以及核內的DNA，從而產生危害。SYBR Green I已被證實在紫外光下將會產生強誘變能力，使DNA或其他物質發生突變。

幾種核酸染料的比較

染料                     安全性      穩定性       靈敏      優點                    缺點

EB                          --             +             ++       廉價                   強誘變劑

Gel Green                +             +             ++       安全                   價格高

綠色熒光核酸染料     -              -               +        大片段染色良好     易淬滅

SYBR Green              -              -             ++      靈敏                    穩定性差