細胞器標志物抗體是細胞生物學中常用的研究工具。靶向特定的抗體有助于了解蛋白的亞細胞定位以及探究其生物功能，也可以在細胞器分離提取物的蛋白質印跡分析中用作陽性對照。

細胞骨架（Cytoskeleton）是一種蛋白纖維網絡結構，是真核細胞借以維持其基本形態的重要結構。它存在于細胞質中，主要成分為微管（Microtubule，MT）、微絲（Microfilament，MF）及中間纖維（Intermediate filament，IF）三種蛋白絲。細胞骨架可以幫助細胞實現運動、分裂和生長等基本生命過程，對細胞的形狀、細胞的運動、細胞內物質的運輸、細胞分裂時染色體的分離和胞質分裂等均起著重要的作用。

微管蛋白（Tubulin）是一種球蛋白，是細胞內微管的基本結構單位。Tubulin分為α、β、γ、δ、ε等多種Tubulin，其中α-Tubulin和β-Tubulin可以形成異源二聚體，是形成微管的最主要的兩種Tubulin-α亞基由450個氨基酸組成，β亞基由455個氨基酸組成，分子量約為55kDa。微管蛋白在細胞結構支持、細胞內轉運和DNA分離等過程中起到了重要的作用。

肌動蛋白（Actin）是細胞的一種重要骨架蛋白，由375個氨基酸殘基組成，且由一個大的、高度保守的基因編碼。在細胞分泌、吞噬、移動、胞質流動和胞質分離等過程中起重要作用。β-Actin是橫紋肌肌纖維中的一種主要蛋白質成分，也是肌肉細絲及細胞骨架微絲的主要成分，其具有收縮功能，分布廣泛。

      角蛋白（Keratin）是纖維結構蛋白家族之一，角蛋白單體組成束形成中間纖維蛋白。角蛋白肽鏈為多結構域肽鏈，分為高度保守棒狀的中間區域和端肽區域，是典型的α螺旋。細胞角蛋白（Cytokeratin，CK）主要分布于上皮細胞、間皮細胞，是角質細胞中的主要骨架蛋白，主要功能是維持上皮細胞的完整性及連續性。其具有很高的保守性和組織分化特異性，與上皮細胞的增殖分化密切相關。

波形蛋白（Vimentin，VIM）是中間絲的其中一種蛋白質，一個波形蛋白單體有著一個中央α螺旋結構域，其N端覆蓋著一個非螺旋的氨基末端，C端覆蓋著一個羧基末端。兩個波形蛋白單體會互相扭曲，形成一個卷曲螺管形狀的二聚物。VIM附在細胞核、內質網及線粒體的旁邊或者末端，在細胞中發揮著多種生物學功能，包括維持細胞形態、參與細胞信號傳導和細胞應對機械應力等。

已有一些蛋白被鑒定可用作細胞骨架標志物（見表1）